Предложение сделать в некоторых кубковых турнирах что-то типа: первый из группы переходит в следующую стадию, а второй проходит через стадию плейофф

Не будет тут такого.

1. Менять систему турниров
2. Команда которая вышла со 2-го места, сыграет на игру больше, тем самым физа упадет гораздо больше чем у соперника в сл. стадии, что приведет к неравенству сил на поле.